追記）2014/10現在については、“Wine-2”を参考にして下さい。
Wineの最新版は、2013/8現在で安定版は“1.6”の様です。
（ここは、2013年現在です.。）
wineはWindowsのアプリを動作させるためのソフトです。
WineはWindowsのDLLに代る物をLinux上に持っていて、是でWindowsのアプリを動かそうとするソフトで、エミュレータみたいなソフ トです。VirtualBox等の場合は仮想マシンで、この仮想マシンでアプリを動かそうとする物ですが、Wineは、WindowsのDLLを肩代 りして動かそうというソフトなのです。
WineでのWindowsアプリの動作状況
Windows用ソフトなら全て動く訳ではなく、どちらかと言うと、動いたら儲け物といった感じです。また、動いても不完全な動作をする場合も有ります。 ゲームは比較的動く物が多い様です（他のジャンルのソフトと比べた場合）。比較的簡単な（シンプル）なプログラムは動く確率が高いです。
各アプリの動作状況は下記で確認できます。
http://appdb.winehq.org/
結論を先に記載するのは、如何なものと思いますが、Wineより仮想OSを構築する方をお勧めします。はっきし言って、Wineってあまり使えないと思ったほうが良いですよ。
とは言っても、Wineについてあまり記載しないでも怒られるでしょうから、一応、使用法等を記載しておきます。
最近（2013/8）までWineは使用したことがなかったので、Wineについてのページは余り当てにしないで下さい。
バージョンに付いて。
2013/8現在の安定版の最新版は、V1.6の様ですが、ディストリでインストール出来る場合は、そのバージョンで良いでしょう。しかし、 安定版より評価版の方が最新バージョンなので、プログラムがより正しく動く可能性が有ります。2013/8月時点での評価版のバージョンは、V1.7です。
最近のWineを使用するにあたっては、Ubuntuには、“Play on Linux”と言う大変優れたアプリが出ています。
“Play on Linux”はWineのフロントエンドツールのようで、是れをインストールすると、以前のWineより簡単に使用できます。
かなりの量のWindows用アプリをインストールすることができます。ただし、Windowsのパッケージを所有していないとライセンス違反になります。ご注意ください。
インストール
Ubuntu（12.04以降なら。多分？）なら、Ubuntuソフトウェアセンターで“playonlinux”と検索してインストール。
ランチャーのアイコン。
起動すると上図が表示されるので、あとは画面なりに進行。
上図が表示されたら、「＋ インストール」をクリック。
上図が表示されるが、例えば“インターネット”の項目を見ると、上図１の様にしか表示されていない。
（I・Eなどが表示されていない。）
2の「更新」をクリック。
少し時間をおいて、他のジャンルを選択してから、再度“インターネット”をクリックすると、2つ後の図のように表示される。
試しに、I・E8をインストールしてみる。
しかし、上図の様に“アップデートしろ”がでてインストールできません。
アップデートは面倒そうだったので、取り敢えず“I・E6”をインストール。
上図の様に、“I・E6”を選択して、下部右の「インストール」。
上図の様に始まります。
あとは、画面の指示に従ってインストール続行。
途中、“□ I Agree”にチェックを入れ、“I accept the agreement”を選択。
インストールが完了すると、PlayOnLinuxの画面にアイコンが表示されている。
（3の様にUbuntuデスクトップにもアイコンが表示されている。）
アプリを追加インストールすれば、ここに表示される。
アプリの起動
1でアプリを選択して、2の実行をクリックすると選択したアプリが起動する。
又は、3のデスクトップのアイコンをクリックする。
“I・E8”をインストールしようとして、“アップデート”の警告でインストールできませんでしたが、Ubuntu12.10以降なら正常にインストール出来るのかもしれません。（検証していません。後は、インストール中に何かミスったか？。）
Wineは、もともと使う気がないので、気合が入らず“この辺でいいかぁ～。”という事で、あまり詳しくは見ていません。
一応、インストールの項目で目に付いたアプリを以下に記載。
グラフィック：Microsoft Paint
マルチメディア：Ableton8/9、ImgBurn、Reason5、Windows Media Player10、MS Office 2000～2010
Teasting：UTAU4.16、iTunes10
等が目に留まりました。
Ableton8/9やReason5等を使用する場合は、ローレーテンシーのカーネルを使用したUbuntuStudio等のディストリを使用した方が良いと思われます。
PlayOnLinuxの場合は、CD/DVDからのアプリのインストール方法は。？
最新版をインストールするには！。（常に最新版をインストールしたいなら！。）
此処の記載は多分？。以前はこんな感じだったのですが。
手順
PPAを追加します。
Synapticを起動→設定→リポジトリ→他のソフトウェア→追加
APT入力欄に、［APTライン：ppa:ubuntu-wine/ppa］と入力。
（古いデータを元にしているのでAPTラインが間違っているかもしれません。）
「ソースを追加」をクリック
「再読み込み」をクリック
Synapticから最新版をインストール。
以上です。